Proveri imas li instaliran Superuser uopste. Tako je, ako podignes prvi put Titanium Backup recimo, podici se se sam Superuser i pitace za dozvolu da se pristupi root-u. Neke root procedure ne instaliraju automatski Superuser - instaliraj ga sam, on te stiti od aplikacija koje bi zelele root access ali nemaju pravo na njega. Ako jeste instaliran (potrazi ga medju aplikacijama, ako je instaliran, vidi se), uradi Update binaries.
A odgovor na pitanje, ne, ovo nece smetati instalaciji drugog ROMa. Sve sto ti je potrebno je custom recovery, a njega ces lako instalirati ako imas root.